Während Jimmy noch immer eine Versöhnung mit Gretchen herbeisehnt, vergnügt die sich lieber mit ihrer Affäre Boone. Und auch Boone zeigt vermehrt Interesse an Gretchen. Lindsay fühlt sich derweil einsam bei der Arbeit. Sie will ihre Kollegen beeindrucken, um Freunde zu finden - doch das gestaltet sich schwierig. Edgar kämpft ebenfalls um eine Freundschaft, und zwar um die zu Jimmy, der aber wiederum eher abweisend reagiert.
Besessen davon, in das Energiefeld "Nexus" zu gelangen, um dort ewiges Leben und vollkommenes Glück zu finden, zerstört der Wissenschaftler Dr. Soran ein ganzes Sonnensystem und Millionen von Menschenleben. Captain Picard weiß, dass er den Fanatiker nur mit Hilfe von Captain Kirk stoppen kann. Die Kapitäne der alten und der neuen Enterprise versuchen durch einen Zeitsprung, die kosmische Katastrophe ungeschehen zu machen ...
Durch eine Zeitreise in die Vergangenheit wollen die Borg die Erfindung des Warp-Antriebs verhindern, denn der erste Flug mit Warp-Geschwindigkeit brachte die Menschen erstmals in Kontakt mit Außerirdischen und führte schließlich zur Gründung der mächtigen Planetenkonföderation. Doch die Enterprise folgt ihnen ins Jahr 2063 und nimmt den Kampf mit den aggressiven biomechanischen Aliens auf - einen Kampf, der über das Schicksal der Erde entscheidet ...
Die Einwohner des Planeten Ba'ku besitzen das Geheimnis ewigen Lebens. Doch nun will das aussterbende Volk der Son'a sie mit Hilfe der Föderation vertreiben, um selbst in den Genuss ewigen Lebens zu gelangen. Captain Picard und die Crew der Enterprise leisten entschlossen Widerstand und greifen sogar zur Waffe - doch Picard kommt dadurch in Gewissensnöte, denn die Föderation verletzt so ihre "oberste Direktive", die besagt, sich nie in die Belange fremder Kulturen einzumischen.
Die Föderation bekommt ein überraschendes Angebot von den Romulanern: Sie möchten Frieden schließen. Captain Picard wird als Abgesandter der Föderation nach Romulus geschickt. Dort trifft er auf Shinzon, Führer der Romulaner und Picards Klon. Picards junges Ebenbild hat in Wahrheit ganz andere Ziele: Er benötigt den Captain, um sich mit dessen genetischem Material am Leben zu halten. Als Picard aber fliehen kann, macht sich Shinzon auf, um die Erde zu zerstören ...
"Kirk" Chris Pine und "Spock" Zachary Quinto bekommen es mit Benedict Cumberbatch ("Sherlock Holmes") zu tun: Nach einem Anschlag auf das Waffenlabor der Sternenflotte in London mit mehreren Toten wird der Oberste Rat zu einer Sitzung einberufen. Auch Kirk, Spock und Admiral Pike nehmen daran teil. Gerade als der Admiral den Namen des Attentäters John Harrison verkündet, greift dieser das Gebäude an. Harrison kann fliehen, doch die Crew der Enterprise macht Jagd auf ihn.
Man schreibt das Jahr 2040: Das Raumschiff "Event Horzion" verschwindet plötzlich im Weltall und wird erst nach sieben Jahren wieder von einem Aufklärungstrupp gefunden. Als die Mannschaft das Raumschiff betritt, scheint alles ausgestorben zu sein - keine Spur von Leben ist zu entdecken. Doch als sie immer tiefer in das Gewirr von Ebenen und Decks gelangt, macht sie eine Entdeckung, die jegliche Vorstellungskraft sprengt ...
Der Wissenschaftler Xavier Fitch hat ein bislang einzigartiges Experiment durchgeführt: die Kreuzung menschlicher Gene mit außerirdischer DNS. Das Ergebnis ist ein weibliches Wesen. Als man sich entschließt, das Wesen mit Zyankali zu vernichten, gelingt ihm die Flucht. Drei Wissenschaftler, ein Hellseher und ein Special Agent jagen das Wesen, doch dieses kann ihnen immer wieder entkommen. Während seiner Flucht durchlebt es eine Metamorphose und wird wiedergeboren ...
Bei einer Mission auf dem Mars wird ein Teil der Mannschaft mit einem Virus infiziert, das äußerlich keine Veränderungen bewirkt - doch innerlich die Betroffenen zu Aliens mutieren lässt. Astronaut Patrick Ross gehört zu den Infizierten und schart auf seinem Landsitz die Mutantengruppe um sich. Eve, ebenfalls ein Zwitter aus Mensch und Alien, wird in einem Labor gefangen gehalten und verschiedenen Tests unterzogen. Patrick versucht, Eve aus diesem Labor zu befreien ...
Der Wissenschaftler Xavier Fitch hat ein bislang einzigartiges Experiment durchgeführt: die Kreuzung menschlicher Gene mit außerirdischer DNS. Das Ergebnis ist ein weibliches Wesen. Als man sich entschließt, das Wesen mit Zyankali zu vernichten, gelingt ihm die Flucht. Drei Wissenschaftler, ein Hellseher und ein Special Agent jagen das Wesen, doch dieses kann ihnen immer wieder entkommen. Während seiner Flucht durchlebt es eine Metamorphose und wird wiedergeboren ...